内设处室（16个）：办公室、组织人事处、宣传教育处、法规处、财物装备处、非公有制经济组织党建工作处、微型企业发展监督管理处、企业和个体私营经济监督管理处、外商投资企业注册管理处、市场监督和消费者权益保护处、广告监督管理处、商标监督管理处、合同监督管理处、中介监督管理处、企业信用体系建设管理处、电子商务监督管理处。

　　其他机构（2个）：机关党办、离退休人员工作处。

直属行政单位（2个）：企业注册管理分局、经济检查执法局。

直属事业单位（4个）：重庆市工商行政管理局档案信息服务中心（重庆市企业信用信息中心、重庆市广告监测中心）、重庆市消费者权益保护委员会、重庆市工商行政管理局机关后勤服务中心、重庆工商行政管理职工中等专业学校（重庆工商行政管理干部学校）。

派驻机构（1个）：市纪委、监察局驻市局监察室。　　
　　　　
　　二、社团组织
　　　　重庆市工商行政管理学会
　　　　重庆市微型企业协会
　　　　
　　三、区县工商局
　　　　重庆市工商行政管理局万州区分局
　　　　重庆市工商行政管理局黔江区分局
　　　　重庆市工商行政管理局涪陵区分局
　　　　重庆市工商行政管理局渝中区分局
　　　　重庆市工商行政管理局大渡口区分局
　　　　重庆市工商行政管理局江北区分局
　　　　重庆市工商行政管理局沙坪坝区分局
　　　　重庆市工商行政管理局九龙坡区分局
　　　　重庆市工商行政管理局南岸区分局
　　　　重庆市工商行政管理局北碚区分局
　　　　重庆市工商行政管理局渝北区分局
　　　　重庆市工商行政管理局巴南区分局
　　　　重庆市工商行政管理局长寿区分局
　　　　重庆市工商行政管理局江津区分局
　　　　重庆市工商行政管理局合川区分局
　　　　重庆市工商行政管理局永川区分局
　　　　重庆市工商行政管理局南川区分局
　　　　重庆市工商行政管理局大足区分局
　　　　重庆市工商行政管理局綦江区分局

       重庆市工商行政管理局璧山区分局 
              重庆市工商行政管理局铜梁区分局
　　　　重庆市工商行政管理局潼南区分局　　　　
　　　　重庆市工商行政管理局荣昌区分局
　　　　重庆市梁平县工商行政管理局
　　　　重庆市城口县工商行政管理局
　　　　重庆市丰都县工商行政管理局
　　　　重庆市垫江县工商行政管理局
　　　　重庆市武隆县工商行政管理局
　　　　重庆市忠县工商行政管理局
　　　　重庆市开县工商行政管理局
　　　　重庆市云阳县工商行政管理局
　　　　重庆市奉节县工商行政管理局
　　　　重庆市巫山县工商行政管理局
　　　　重庆市巫溪县工商行政管理局
　　　　重庆市石柱土家族自治县工商行政管理局
　　　　重庆市秀山土家族苗族自治县工商行政管理局
　　　　重庆市酉阳土家族苗族自治县工商行政管理局
　　　　重庆市彭水苗族土家族自治县工商行政管理局

       重庆市工商行政管理局万盛经济技术开发区分局
              重庆市双桥经济技术开发区工商行政管理局